El Programa de Doctorado en Educación será implementado por la Secretaría de Educación Jalisco a través de la Dirección General de Unidades de la UPN e Instituciones de Posgrado, que depende de la Coordinación de Formación y Actualización de Docentes de la SEJ, y será impartido y certificado por la Unidad UPN 141 Guadalajara; Su objetivo general será formar investigadores de alto nivel profesional y social, capaces de producir y aplicar conocimiento relevante a partir de proyectos de investigación educativa orientados a la innovación de las instituciones e instancias en el campo de la educación básica y los entornos que la conforman.