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La Contraloría es una dependencia del Poder Ejecutivo del Estado que tiene a su cargo el ejercicio de las funciones y el despacho de los asuntos que expresamente le encomiende la Ley Orgánica del Poder Ejecutivo del Estado de Jalisco, la Ley de Responsabilidades de los Servidores Públicos del Estado de Jalisco, la Ley para los Servidores Públicos del Estado de Jalisco y sus Municipios, Ley de Adquisiciones y Enajenaciones del Gobierno del Estado de Jalisco, Ley de Obra Pública del Estado de Jalisco y otras leyes, así como los Reglamentos Estatales en vigor, Decretos, Acuerdos, Lineamientos Políticos y disposiciones del Gobernador del Estado.
