El FONDEREG es un programa para el Desarrollo Regional, el cual constituye un instrumento de apoyo integrado con recursos de la partida 4241 del presupuesto de egresos del Estado y aportación del municipio con el fin de impulsar el desarrollo de las 12 Regiones de la Entidad, a través de proyectos de inversión pública que beneficien a 2 o más municipios. La aportación de los recursos tanto estatal como municipal se establece de acuerdo al grado de marginación conforme a los datos del Consejo Nacional de Población .

Financiamiento bajo el esquema de microcrédito a personas que realicen o inicien una actividad económica, financiamiento al emprendurismo, al desarrollo y supervivencia de microempresas así como apoyo al autoempleo

Se otorga atención directa a los niños con síndrome Down, a través de consultas médicas y terapias, donde se les realiza ejercicios especializados para mejorar sus movimientos físicos y psíquicos, así como apoyar a las familias con orientaciones y terapias que ayuden al menor a lograr su inclusión a la vida educativa, familiar y social.

Es un programa donde se llevan a cabo procesos de formación, capacitación comunitaria y sostenible para la convivencia humana, a través de cinco ejes de trabajo que son: alimentación, economía, salud, educación y construcción (vivienda), entendiendo esto como ir a las comunidades de Jalisco con un equipo multidisciplinario, para acercar servicios comunitarios a la población vulnerable que requiera de apoyo asistencial, fortaleciendo así la autogestión de las comunidades.

Financiamiento a micro, pequeñas y medianas empresas establecidas en el Estado, que necesiten liquides para el desarrollo y consolidación de las mismas.

El PAED ha sido desarrollado por la DGEI, principalmente como un Programa de asesorías académico pedagógicas orientadas por los principios de la atención educativa a la diversidad social, lingüística y cultural, contenidos en el Acuerdo Secretarial 592, que proporcionan los AAD (Asesor Académico de la Diversidad Social, Lingüística y Cultural) a las y los docentes de Educación Inicial, Preescolar y Primaria Indígena con la finalidad de hacer de la educación pública un factor de justicia y equidad, que impulse una sociedad democrática, incluyente y diversa.

El programa SMSXXI es parte del Sistema de Protección Social en Salud (SPSS) o Seguro Popular (SP), promueve la atención preventiva y la detección temprana de enfermedades y daños a la salud y garantiza la cobertura integral en servicios de salud a los niños mexicanos menores de cinco años, que no sean derechohabientes de alguna institución de seguridad social.
La atención médica de SMSXXI integra los padecimientos que afectan a beneficiarios en el 2° y 3er nivel de atención, cuyas patologías generales se mencionan en el anexo 1 de las Reglas de Operación del Programa, y complementa la cartera de servicios del Catálogo Universal de Servicios de Salud ( CAUSES ), además de los padecimientos programados por Gastos Catastróficos (FPGC ).

Este Subprograma esta orientado a facilitar la vinculación entre oferentes y demandantes de empleo que se encuentran físicamente en entidades, regiones o localidades distintas, por ende requieren diferentes mecanismos para moverse hacia donde existen oportunidades de empleo y/o para cubrir vacantes disponibles.

Programa de financiamiento creado para fomentar la conservación y uso racional de suelo y agua, proporcionando apoyos para el almacenamiento y captación de metros cúbicos de agua; así como la incorporación de hectáreas a prácticas de conservación de suelo y prácticas vegetativas.

Formación de formadores ambientales busca establecer bajo un pensamiento crítico, principios y criterios de sustentabilidad y ambientales; procesos de cultura y educación ambiental desde los diferentes niveles y sectores sociales.